Linux文件管理：权限、路径、查找、批量操作

1
ls -la /opt/bioinfo/scripts/

1
# 比如你从别人那里拷贝了脚本，直接运行：
2
./run_qc.sh
3
# bash: ./run_qc.sh: Permission denied

1
# 1. 看权限
2
ls -la run_qc.sh
3

4
# 2. 加执行权限
5
chmod +x run_qc.sh
6

7
# 3. 确认
8
ls -la run_qc.sh   # 应该看到 -rwxr-xr-x

1
umask          # 默认输出 0022

1
umask 0077
2
touch sensitive_data.txt
3
ls -la sensitive_data.txt   # -rw-------

1
# 在项目目录下创建链接
2
ln -s /opt/bioinfo/refs/hg38.fa ./refs/hg38.fa
3
ln -s /opt/bioinfo/refs/hg38.fa.fai ./refs/hg38.fa.fai
4
ls -lh ./refs/

1
# ❌ 硬编码绝对路径——换个机器就跑不了
2
DATA=/home/bioinfo/project1/data/sample1.fastq
3
bwa mem /home/bioinfo/refs/hg38.fa $DATA > output.sam
4

5
# ✅ 相对路径——灵活，但要搞清楚脚本从哪个目录执行的
6
DATA=../data/sample1.fastq
7
bwa mem ../refs/hg38.fa $DATA > output.sam
8

9
# ✅ 环境变量——最推荐，修改一处全局生效
10
export REF_DIR=/opt/bioinfo/refs
11
export DATA_DIR=/opt/bioinfo/data
12
bwa mem $REF_DIR/hg38.fa $DATA_DIR/sample1.fastq > output.sam

1
cd /opt/bioinfo/./scripts/../
2
pwd          # /opt/bioinfo（pwd告诉你路径）
3
realpath .   # /opt/bioinfo（realpath解决所有符号链接和.和..）

1
SCRIPT_DIR="$(cd "$(dirname "${BASH_SOURCE[0]}")" && pwd -P)"

1
# 按文件名搜索
2
find /opt/bioinfo -name "*.fastq.gz" -type f
3

4
# 按大小搜索（大于1GB的bam文件）
5
find /opt/bioinfo -name "*.bam" -size +1G
6

7
# 按修改时间（24小时内改动过的结果文件）
8
find /opt/bioinfo/results -mtime -1 -type f
9

10
# 组合条件：最近7天创建的、大于100MB的bam文件
11
find /opt/bioinfo -name "*.bam" -size +100M -mtime -7

1
# 批量删除空文件（跑崩了的输出）
2
find /opt/bioinfo/results -type f -empty -delete
3

4
# 批量改名（把所有.fastq改成.fq）
5
find /opt/bioinfo/data -name "*.fastq" -type f -exec rename 's/.fastq$/.fq/' {} \;
6

7
# 批量压缩日志（30天前的日志打包）
8
find /opt/bioinfo/logs -name "*.log" -mtime +30 -exec gzip {} \;
9

10
# 批量chmod（把所有脚本加执行权限）
11
find /opt/bioinfo/scripts -name "*.sh" -type f -exec chmod +x {} \;

1
# 统计所有fastq.gz文件总大小
2
find /opt/bioinfo/data -name "*.fastq.gz" -type f | xargs du -ch | tail -1
3

4
# 批量跑fastqc（xargs -P 并行！）
5
find /opt/bioinfo/data -name "*.fastq.gz" | xargs -P 4 -I {} fastqc {} -o /opt/bioinfo/results/qc/

1
# 标准输出重定向到文件
2
fastqc sample.fastq.gz > qc_output.txt
3

4
# 仅重定向错误信息
5
fastqc sample.fastq.gz 2> qc_error.txt
6

7
# 两者都重定向到不同文件
8
fastqc sample.fastq.gz > qc_output.txt 2> qc_error.txt
9

10
# 两者合并到同一个文件（生信最常用）
11
fastqc sample.fastq.gz > qc_all.txt 2>&1

1
# 屏幕上看着输出，同时存到文件
2
fastqc sample.fastq.gz 2>&1 | tee qc.log
3

4
# 套在完整脚本里
5
{
6
    echo "=== QC started at $(date) ==="
7
    fastqc sample.fastq.gz 2>&1
8
    echo "=== QC finished at $(date) ==="
9
} | tee qc_full.log

1
# 检查链接是否有效
2
find /opt/bioinfo -type l ! -exec test -e {} \; -print
3

4
# 输出类似：./refs/hg38.fa  表示这个链接已断

1
umask   # 看看当前值
2
umask 0022   # 改回默认
3

4
# 批量修复已有文件
5
find /opt/bioinfo/results -type f -exec chmod 644 {} \;
6
find /opt/bioinfo/results -type d -exec chmod 755 {} \;