Linux批量文件管理：rename/find/xargs/ln

1
# 把所有.fastq改成.fq
2
rename 's/\.fastq$/.fq/' *.fastq
3

4
# 去掉文件名中的_sample_前缀
5
rename 's/_sample_/_/' *_sample_*.fastq.gz
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# 把所有空格改成下划线
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rename 's/ /_/g' *
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# 转小写
11
rename 'y/A-Z/a-z/' *

1
# 找所有超过1GB的BAM文件
2
find . -name "*.bam" -size +1G
3

4
# 删除7天前的临时文件
5
find /tmp -name "*.tmp" -mtime +7 -delete
6

7
# 找空文件
8
find . -type f -empty
9

10
# 把所有.sh加执行权限
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find . -name "*.sh" -exec chmod +x {} \;
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# 找软链接（断了的）
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find . -type l ! -exec test -e {} \; -print

1
# 并行gzip压缩（-P4=4线程）
2
find . -name "*.fastq" | xargs -P4 -I{} gzip {}
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4
# 删除含ERROR的日志文件
5
grep -l "ERROR" *.log | xargs rm -f
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# 统计所有fastq.gz总大小
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find . -name "*.fastq.gz" | xargs du -ch | tail -1

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# 统一引用基因组，不拷贝
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ln -s /opt/refs/hg38.fa ./refs/
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4
# 批量创建链接（参照组每个基因一个链接）
5
cat gene_list.txt | xargs -I{} ln -s /opt/refs/{}.fa ./genes/
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# 查看链接指向
8
readlink -f hg38.fa

1
# 批量统计行数
2
find ./results -name "*.txt" | xargs wc -l | sort -rn
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4
# 批量检查文件完整性（gzip）
5
find . -name "*.gz" | xargs -P8 -I{} sh -c 'gzip -t {} || echo "CORRUPT: {}"'
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# 按日期归档日志
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tar -czf logs_$(date +%Y%m).tar.gz logs/