参考基因组下载与索引准备:Ensembl/UCSC/NCBI
从Ensembl、UCSC、NCBI三大来源获取参考基因组并准备bwa、bowtie2、hisat2全套索引的完整指南。
bedtools区间操作:intersect/merge/coverage/closest
bedtools核心子命令intersect、merge、coverage、closest的深度实操,附带BED/GFF/GTF格式解读与输出分析。
Samtools:SAM/BAM格式操作全解
Samtools处理SAM/BAM文件的完整实操,覆盖view、sort、index、flagstat等核心子命令及CIGAR与FLAG解读。
HISAT2 RNA-seq比对:建索引、双端比对、参数调优
HISAT2 RNA-seq比对全流程,从建索引、双端比对参数调优到比对率统计,附与STAR的选型对比。
Cutadapt与Trimmomatic:去接头与数据清洗
Cutadapt与Trimmomatic的去接头原理、参数配置和性能对比,帮助针对不同测序项目选择合适的数据清洗工具。